雄英高校１年A組全員集結。
最凶の敵＜ヴィラン＞、《ナイン》に立ち向かえ——。

雪が降り続く冬のある夜。
ヒーロー社会を壊そうと目論む敵＜ヴィラン＞・死柄木弔たちが、密かに【何か】を運ぼうとしていた。彼らの動きを事前にキャッチしたプロヒーローたちが現場に駆け付け、激しい戦いを繰り広げる。

その戦いの中、その【何か】は、仲間とともに去って行った。
「実験は、成功した―。」という言葉を残して。

ちょうどその頃、出久たち雄英高校ヒーロー科1年A組の面々は、引退したNo.1ヒーロー・オールマイトの後を継ぐ“次世代のヒーロー育成プロジェクト”の一環として、クラス全員で期間限定の校外ヒーロー活動のために日本のはるか南に位置する離島・那歩島(なぶとう)を訪れていた。
ここしばらく大きな事件が全く起きていない平和な島で、駐在ヒーローとして島の人々の生活を助けながら、忙しく、それでいてのんびりとした時間を過ごす中、出久たちは真幌(まほろ)と活真(かつま)という二人の姉弟と出会う。
ヒーローに憧れる活真と早速打ち解ける出久だったが、なぜか真幌は、かたくなに活真を出久たちから遠ざけるのだった。

そんな中、突如謎の敵＜ヴィラン＞たちが那歩島に襲来、次々と島の施設を破壊していく。それを指揮するのは、「ナイン」。
出久、爆豪ら1年A組のメンバーは力を合わせて敵＜ヴィラン＞に立ち向かうが、ナインの圧倒的な“個性”と力は想像を遥かに超えるものだった。

なぜ、ナインたちは那歩島を襲撃したのか？
そして、出久たち1年A組の“ニューヒーロー”たちは、果たして最凶の敵＜ヴィラン＞から活真と真幌、そして島の人々を守ることができるのか―！？